Le capybara est un mammifère social d’Amérique du sud, que l’on rencontre à proximité des cours d’eau (l’animal est excellent nageur) et qui possède la particularité d’être le plus gros rongeur connu. Avec ses 1m de long et ses 50kgs, cette belle bête peut-être élevée pour sa viande, ou bien domestiquée. Mais ce qui fait la popularité du capybara sur les internets, c’est sa réputation de créature imperturbable en toute circonstance.

Les capybaras sont tellement cools qu’ils tiennent la vedette dans le dernier Disney. Si c’est pas une consécration ça ?

Mais il ne suffit pas d’être une star sur les réseaux sociaux pour avoir les honneurs de ce blog. En l’occurence, si nous nous intéressons cette semaine au capybara, c’est à cause de son système digestif très particulier. Cet herbivore se nourrit principalement d’herbes aquatiques, de fruits et d’écorces d’arbres, mais comme tous les autres mammifères (humains compris), il ne possède pourtant pas d’enzymes capables de dégrader les fibres végétales. Leur assimilation repose donc sur le travail de son microbiote intestinal, i. e. l’ensemble des bactéries qui vivent dans ses entrailles, qui va être sollicité lors plusieurs cycles de régurgitation et de remâchage des aliments, afin d’en extraire le plus de nutriments possibles. Le capybara est d’ailleurs coprophage, à savoir qu’il peut également consommer ses propres excréments, qui vont lui servir de source de bactéries pour enrichir sa flore intestinale.

Récemment, des équipes de recherche brésiliennes et française ont passé à la loupe le microbiote intestinal des capybaras, notamment pour en savoir plus sur les enzymes à l’oeuvre lors de la digestion de leurs aliments. Ce travail, qui a nécessité l’analyse de selles fraiches pour en extraire des populations bactériennes, a ainsi permis d’identifier des bactéries fréquemment rencontrées chez les herbivores, ainsi que des variants spécifiques aux capybaras et présentant des capacités de dégradation accrues de matériaux cellulosiques (i. e. les fibres végétales consommées par nos gros rongeurs). Cela grace à une famille de protéines particulières, les CaZymes (Carbohydrate-active Enzymes), pour lesquelles plus de 7000 gènes ont été identifiés. On est donc bien là en face d’une arme de dégradation massive des végétaux. Cette armada d’enzymes présente une grande variété de formes et de fonctions qui vont permettent de couper des liaisons au sein des molécules de cellulose. Parmi elles, CapGH173 (pour Capybara Glycoside Hydrolase 173) et CapGH43-12 semblent être particulièrement efficaces. Les chercheur·se·s ont aussi identifié une enzyme, CapCMB89 (CBM pour carbohydrate-binding module, soit module de fixation aux glucides) comportant un domaine à la structure inhabituelle, composée d’une succession de feuillets β, et dont la fonction exacte reste encore à élucider.

Trois protéines produites par le microbiote du capybara et qui l’aident à digérer ses aliments :
CapGH173 (en magenta), CapGH43_12 (en cyan) et CapCBM89 (en vert)

Si ces équipes de recherche se sont ainsi amusées à aller dépiauter des selles de capybaras, ça n’est pas seulement pour l’amour de la science (ha bon ?), mais aussi parce que les enzymes identifiées lors de cette étude présentent un intérêt industriel. En effet, la biomasse végétale (et notamment les déchets issus de la culture de la canne à sucre) représente actuellement une source d’énergie potentielle encore mal exploitée, notamment parce qu’il existe à l’heure actuelle peu de procédés pour dégrader celle-ci de manière efficace. Et ces nouvelles CaZymes pourraient changer la donne. Qui sait si les avancées énergétiques de demain ne sont pas cachées dans le caca des capybaras ?